Sbírkové fondy jsou rozděleny na podsbírky Archeologie, Etnografie, Historie, Militária, Numismatika a faleristika, Výtvarné umění, Fotografie, filmy, videozáznamy.
Archeologie
Nejpočetnější podsbírka muzea, vznikala z náhodných nálezů na přelomu 19. a 20. století i systematických výzkumů od poloviny 20. století.
Vzhledem k absenci odborného archeologa v muzeu již nemůže být doplňována novými výzkumy.
Etnografie
Početný fond etnografie dokumentuje jedinečné lidové jevy regionu Holešovska, který je typický svým položením na etnografickou hranici Valašska a Hané.
Historie
Jedná se o fond dokumentující specifické a jedinečné společenské, kulturní, průmyslové jevy na Holešovsku v průběhu historie, činnost místních spolků a sportovních klubů, regionální školství, staré mapy, památky na významné osobnosti regionu, judaika, odboj proti nacismu a působení armády v Holešově.
Militaria
Podsbírka je rozdělena podle druhů zbraní na palné (dlouhé a krátké) a chladné.
Numismatika a faleristika
Podsbírku tvoří mince, bankovky, odznaky, medaile a jejich odlitky týkající se Holešova a jeho okolí.
Výtvarné umění
Tuto podsbírku tvoří velmi různorodý obrazový materiál původem ze zámku v Holešově, obrazy se sakrální tématikou, výtvarná díla především regionálních výtvarníků, či autorů malujících region.
Fotografie, filmy, videozáznamy
Nejnovější podsbírka obsahuje jak starší fotografie do roku 1989, tak i digitální kopie fotografií, které jsou momentálně deponovány v Městské knihovně v Holešově.
